开放阅读框查找器
开放阅读框查找器可以在目标DNA序列中搜寻开放阅读框。此工具可以输出每个ORF所在的区域,并翻译成对应的蛋白序列。此工具可以为新测序的DNA序列查找潜在的蛋白编码区。此工具支持IUPAC或多种密码子。
输入FASTA格式的序列,最大长度限制在100000以内。
>sample sequence gcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcgtaa
*开放阅读框开始于:
任何密码子
atg
atg, gtg, ctg, ttg
.
*查找ORF需要从阅读框
1
2
3
1, 2, and 3
搜索
正
反
链。
*只展示密码子个数大于
的片段.
*使用
standard (1)
vertebrate mitochondrial (2)
yeast mitochondrial (3)
mold mitochondrial (4)
invertebrate mitochondrial (5)
ciliate nuclear (6)
echinoderm mitochondrial (9)
euplotid nuclear (10)
bacterial (11)
alternative yeast nuclear (12)
ascidian mitochondrial (13)
flatworm mitochondrial (14)
Blepharisma macronuclear (15)
chlorophycean mitochondrial (16)
trematode mitochondrial (21)
Scenedesmus obliquus mitochondrial (22)
Thraustochytrium mitochondrial (23)
密码子
.
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