蛋白双序列比对
蛋白双序列比对用于比对两条蛋白质序列,并找到最优的全局匹配方式。此工具用于查找序列保守区。
输入第二条序列(原始格式或FASTA格式),长度限定在2000以下。
>Human p53 SSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPV QLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQH LIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCM GGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENL
输入第二条序列(原始格式或FASTA格式),长度限定在2000以下。
>Xenopus p53 SCAVPSTDDYAGKYGLQLDFQQNGTAKSVTCTYSPELNKLFCQLAKTCPL LVRVESPPPRGSILRATAVYKKSEHVAEVVKRCPHHERSVEPGEDAAPPS HLMRVEGNLQAYYMEDVNSGRHSVCVPYEGPQVGTECTTVLYNYMCNSSC MGGMNRRPILTIITLETPQGLLLGRRCFEVRVCACPGRDRRTEEDNY
配置打分规则
*选择打分矩阵
PAM30
PAM70
BLOSUM80
BLOSUM62
BLOSUM45
*序列前有跳配(Gap)得
6
5
4
3
2
1
0
-1
-2
-3
-4
-5
-6
分
*内部跳配(Gap)得
6
5
4
3
2
1
0
-1
-2
-3
-4
-5
-6
分
*序列后有跳配(Gap)得
6
5
4
3
2
1
0
-1
-2
-3
-4
-5
-6
分
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